肛门粘膜由单层柱状上皮组成（阴道粘膜由复层柱状上皮组成），故肛交时阴茎和肛门粘膜剧烈而频繁地摩擦，极易造成损伤，从而使精液及前列腺液中的HIV通过损伤处进入被插入者的血液，因此肛交被看作是HIV感染最高危的性活动。
如同阴茎——阴道性交和阴茎——口腔性交一样，性伴接受的一方具有感染HIV更大的危险性，如上所述，男性同性恋者高的肛交频率将其置于最易于感染HIV的境地。
然而，肛交在异性恋者中也经常进行。1991年的研究报告，指出我国城市夫妻中7%认可肛交行为，13%的夫妻认可肛交。另外，肛交经常是某些国家（如巴西和墨西哥）为了保持女性童贞，同时避免怀孕而采用的重要手段之一。
在这些国家，肛交的这些功能导致了危险性行为的增加，因为对青年人而言，和AIDS相比，他们更加关心怀孕。
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