对本病的治疗，主要是对症处理和针对病原治疗。
一、对症处理
胃肠炎患者应以维持水、电解质平衡为重点，辅以必要的对症处理。轻、中度失水可予口服葡萄糖-电解质溶液，重度失水则需静脉补液，情况改善后再改用口服补液。对年老、年幼或虚弱者应积极处理，中毒症状严重并有循环衰竭者应注意维持有效血容量，必要时可采用肾上腺皮质类激素。禁食后腹痛、腹泻常可显著改善。重症患者可试用抗分泌的药物如黄连素、氯丙嗪、心得安、葡萄糖酸钙、消炎痛等。解痉剂以短期应用为宜。
二、针对病原治疗
对无并发症的胃肠炎型患者，不必应用抗菌药物。因为应用抗菌药物并不能缩短病人的病程，反而促使肠道产生耐药菌株，使排菌时间延长，造成治疗上的困难。
对严重的胃肠炎或老年人、婴幼儿(尤其是4个月以下的婴儿)、营养不良、同时合并有慢性疾病或免疫缺陷者，应加用相应的抗菌药物。对胃肠道外感染及败血症型、伤寒型、局部化脓感染型，应予抗菌药物全身应用。
以往对沙门氏菌感染一般选用氯霉素、复方新诺明、氨苄青霉素或羟氨苄青霉素等，且大多于用药后4～6天热退。但有些病人可出现复发，不过再次给药仍然有效。近年来病原菌耐药现象不断增加，故最好能参照药敏结果选用适当抗生素。目前，临床常用第三代氟喹诺酮类抗菌药及第三代头孢菌素，如环丙氟哌酸、氟嗪酸、洛美沙星、益保世灵等，常有较好的疗效。
恢复期带菌者无需抗菌治疗。
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