目前对嗜酸细胞性胃炎的病因尚未完全阐明，近年研究认为此病可能与某种特殊食物致敏有关。由于食物过敏原与胃肠敏感组织接触后，在胃肠壁内发生抗原抗体反应，与胃肠道中的特异性IgE抗体结合到组织中的肥大细胞膜上，使肥大细胞脱颗粒而释放组织胺、缓激肽类血管活性物质，引起胃肠粘膜充血、水肿，嗜酸性粒细胞浸润，以及胃肠平滑肌痉孪和粘膜分泌增加，从而引起一系列胃肠道症状。
常见的引起嗜酸细胞性胃肠炎的食物有豆粉、鱼类、蛋类、禽类、燕类等。具体每一病人的病因会各不相同，各自有不同的致敏原，且对各种食物不一定有明确过敏，症状与过敏食物无明显相关性，其真正病因尚亟待进一步研究证明。
